Tiene su origen en una pequeña ermita dedicada a Santa Águeda, elegida en 1574, con motivo de una pertinaz sequía, como Patrona de la Ciudad y abogada de las mieses. Posteriormente, el Cabildo de la Isla aprovechó este lugar para fundar junto a él el primer monasterio femenino de la Isla. Las religiosas de la orden de Santa Clara entraron en clausura en 1603.
El templo actual, reedificado y ampliado a partir de 1679, mantiene aún la disposición propia de las iglesias monjiles, con una sola nave paralela a la calle y dos puertas gemelas. Después de la exclaustración, el edificio conventual, hoy desaparecido, fue destinado a hospital en 1840.
